W 1930 roku na peryferiach parafii Bronowice Wielkie (bliżej Krakowa) powstało osiedle Azory. W miarę jak wzrastała liczba mieszkańców, zaszła potrzeba utworzenia ośrodka duszpasterskiego. 
W 1936 roku Franciszkanie podjęli decyzję wybudowania kościoła i domu zakonnego.
18 września 1938 prowincjał o. Anatol Pytlik poświęcił prowizoryczną Kaplicę. Rozpoczęto odprawianie nabożeństw, początkowo w niedzielę i święta, a później również w niektóre dni tygodnia.
W kwietniu przystąpiono do budowy Kościoła. Projekt wykonany przez architekta Tadeusza Maśkowiaka zakładał trzynawowy Kościół z salą pod prezbiterium oraz piętrowy Klasztor. Wybuch II wojny światowej sparaliżował te przedsięwzięcia. Do jesieni 1939 r. zdołano nakryć dachem parterowy Klasztor oraz wykończyć podziemną kaplicę (salę pod prezbiterium), którą poświęcono 12 listopada 1939 roku.
Dnia 1 czerwca 1940 roku Abp Adam Stefan Sapieha erygował przy tej kaplicy parafię pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP (z części parafii w Bronowicach Wielkich, prowadzonej również przez Franciszkanów). Po wojnie kaplica otrzymała nowe wyposażenie wnętrza.
Kiedy po 1965 roku nastąpiła rozbudowa osiedla Azory, sprawą pilną i naglącą stała się konieczność wystawiania większej świątyni, zarówno ze względu na szczupłość pomieszczeń, jak i dlatego, że istniejący obiekt dysharmonizował z architekturą nowego osiedla. Przez wiele lat wnoszono do władz miejskich Krakowa o zezwolenie na budowę. Uzyskano je w 1973 roku po opracowaniu nowych planów, odpowiadających obowiązującym wymogom architektury i potrzebom odnowionej liturgii. 2 sierpnia 1973 roku wznowiono budowę świątyni, przy ofiarnej pomocy mieszkańców osiedla i sympatyków Zakonu. Równocześnie prowadzano prace przy wznoszeniu murów klasztoru do poziomu drugiego piętra.
4 maja 1974 roku Arcybiskup Krakowski, Kardynał Karol Wojtyła dokonał wmurowania kamienia węgielnego, pochodzącego z groty Zwiastowania w Nazarecie, a poświęconego 16 kwietnia 1973 roku przez Papieża Pawła VI. 8 grudnia 1974 roku Kardynał Karol Wojtyła poświęciła dolną kaplicę, a 15 grudnia 1975 roku Kościół górny w stanie surowym. 8 grudnia 1979 roku Arcybiskup Krakowski, Franciszek Kard. Macharski Konsekrował Kościół. Pośród wieżowców krakowskiego osiedla Azory stanął Kościół i Klasztor, zaprojektowany przez grupę architektów i konstruktorów krakowskich: dra inż. Przemysława Gawora, mgr inż. Małgorzatę Grabacką, dra inż. Jana Grabackiego. Niewielki swoimi rozmiarami Kościół składa się jakby z dwu trójkątnych budowli, lekko przesuniętych i nachodzących na siebie. Połączony jest z klasztorem tarasem, pod którym znajdują się salki katechetyczne, utworzone z dawnej kaplicy. Obok tarasu wolno stojąca dzwonnica.
We wnętrzu czuje się harmonię i prostotę. Ściany, w części wyłożone drewnianą okładziną, dodają swoistego ciepła i uroku. Także naturalne światło, którego jest dużo, nie rozprasza się, ale stwarza efekt "wyłączenia". Ściana Eucharystyczna i stacje Drogi Krzyżowej, wykonane w stylu współczesnej ikony, są dziełem krakowskiego malarza Jerzego Nowosielskiego.
Ustawiono nowy ołtarz centralny, ambonę, ławki dla wiernych, konfesjonały, chrzcielnicę i organy.
Ołtarz główny
Od lewej Św. Franciszek podczas stygmatyzacji. Oczy u góry symbolizują Opatrzność Bożą - wszechwidzącą, wszechwiedzącą i wszystko rozumiejącą.
Nad tabernakulum twarz Pana Jezusa.
Dalej w prawo - Stacja XII - Ukrzyżowanie Pana Jezusa. Pod krzyżem Jan Chrzciciel. Po lewej stronie krzyża u góry Matka Boska, a po prawej Św. Jan. Nad krzyżem symbol dnia i nocy. Pod krzyżem czaszka Adama.
Dalej po prawej stronie Stacja XIII - Pan Jezus zdjęty z krzyża - powyżej Matka Boska "Orantka".
Dalej po prawej Stacja XIV - Złożenia Pana Jezusa do grobu. Jezus leży na białym płótnie - płaszczenica.
U góry po prawej "Anastatazis" - Chrystus stępujący do otchłani - poniżej wyważone wrota. Po lewej Ewa, a po prawej Adam - pierwsi zbawieni.
Panorama kościoła (wirtualny spacer 3D)